Στην επόμενη φάση του κυπέλλου Ελλάδας προκρίθηκε το Ρέθυμνο Cretan Kings επικρατώντας της Δόξας Λευκάδας. Αντίθετα το Ηράκλειο αποκλείστηκε από τον Κόροιβο. Στην επόμενη φάση θα αντιμετωπίσει και πάλι εκτός έδρας την ομάδα της Κύμης.
| Β’ ΦΑΣΗ | |
| 1η Αγωνιστική (21/09/2016) | |
| Μαχητές Δόξα Πεύκων – Πανιώνιος | 55-76 |
| Δόξα Λευκάδας – Ρέθυμνo | 31-93 |
| Ηράκλειο – Κόροιβος | 60-70 |
| Ηρακλής – Κύμη | 69-73 |
| Δούκας – Λαύριο | 74-73 |
| Τρίκαλα BC – Προμηθέας | 67-70 |
| Αίολος Αστακού – Αμύντας | 79-69 |
| Καβάλα – Απόλλων Π. | 61-65 |
| 2η Αγωνιστική (24/9/2016) | |
| 17. Κύμη – Ρέθυμνo (δεν έχει οριστεί) | |
| 18. Δούκας – Προμηθέας | |
| 19. Αίολος Αστακού – Πανιώνιος | |
| 20. Απόλλων Π. – Κόροιβος (δεν έχει οριστεί) | |
| 3η Αγωνιστική (1/10/2016) | |
| 21. Νικητής 20 – Νικητής 18 | |
| 22. Νικητής 17 – Νικητής 19 | |
