Με αναμετρήσεις της 2ης αγωνιστικής του Μίνι πρωταθλήματος Παίδων και της 4ης αγωνιστικής των τριών ομίλων στην κατηγορία των Τζούνιορ συνεχίστηκαν τα πρωταθλήματα υποδομής της ΕΠΣ Ρεθύμνου.
Μίνι Πρωτάθλημα Παίδων (2001-02) 11χ11
2η αγωνιστική
Λιβάδια – ΟΦ Αρμένων 1-0
Ρέθυμνο ΠΣ. – Αστέρας Ρεθύμνου1 8-0
Πρωτάθλημα Τζούνιορ (2005-06)
4η αγωνιστική
Α’ όμιλος (Γήπεδο Περάματος)
Αστέρας Περάματος1 – Ερμής Ζωνιανών 2-5
ΠΑΟ Αλφάς – Κάλυβος 3-0αα
Αστέρας Περάματος2 – Λιβάδια 3-3
Β’ όμιλος (Γήπεδο Μισιρίων)
ΡΕΚΑΛ1 – Άρης Ρεθύμνου2 9-0
Άρης Ρεθύμνου1 – Ρεθυμνακος2 7-4
ΑΓΟΔΑ – ΟΦ Αρμένων2 7-1
Επισκοπή – Αστέρας Ρεθύμνου1
Ρεπό: Ρέθυμνο ΠΣ
Γ’ όμιλος (Γήπεδο Καλογεράκη)
Ρεθυμνιακός2 – ΡΕΚΑΛ2 5-13
Ποσειδώνας Γερανίου – ΟΦ Αρμένων2 3-0αα
Άρης Ρεθύμνου3 – Άρης Ρεθύμνου4 4-5
Αστέρας Ρεθύμνου2 – Ε.Α.Π. 4-9
Ρεπό: Σπήλι